O museu se encontra no Cabo Schisò e próximo do porto atual de Giardini Naxos, à margem da área arqueológica da antiga cidade de Naxos. O sítio arqueológico pode ser acessado também desde os espaços limítrofes com o museu graças à abertura de um percurso de visita que acompanha o traçado de um importante eixo viário do séc. V a.C. que conduz até o lado ocidental das muralhas.
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